본교는 총장이 현재 교내 주요 행정 책임자들인 처장, 학장, 대학원장 등을 모두 선임하는 중앙집권적 행정체제를 갖추고 있다. 이에 대해 일부 교수들은 단과대학별로 투표해 학장을 선임하는 총장 권력의 분립을 주장하는 의견도 나왔다.

  이재경 교수도 대학 행정시스템이 지나치게 총장에게 집중돼 개인이 많은 것을 결정하고 무모하게 업무를 추진한다고 지적했다. 이 교수는 “각 학과와 단과대학의 특수성을 최대한 존중하는 분권형 제도를 도입하고 총장도 자신의 권한을 어느 정도 내려놓을 수 있는 자가 되어야 한다고 생각한다”고 말했다.

  이에 ㄷ교수는 각 단과대학의 학장을 단과대학별 투표로 선출해야 한다고 주장했다. ㄷ교수는 “총장의 권력분립을 통해 각 행정단위 및 단과대학의 자율성이 인정돼야 한다”며 “총장의 주도로 각종 정책과 사업이 추진될 때 평교수나 단과대학 측에서 견제하거나 추진력이 생기도록 의견을 모으는 절차는 대학운영을 더욱 민주적으로 만들 것”이라고 말했다.

  중앙집권적인 행정체제로 인해 총장을 견제할 세력이나 기구가 없다는 것도 지적했다. 이주희 교수는 “총장이 학장을 임명하면 각 단과대학 교수들이 학장에 대한 인준 투표를 진행해야 한다”며 “해당 학장을 신뢰할 수 없다면 거부권을 행사할 수 있는 정도의 총장 견제 제도가 마련돼야 한다”고 생각한다. 이어 “교수 평의회를 설립해 학장 인준투표와 처장에 대한 해임을 요구할 수 있는 권한을 갖고, 중간평가를 거쳐야 한다”고 덧붙였다.