학부·학과 편성과 단대별 학점 이수와 관련해 2005학년도 학칙이 개정됐다.
학부 및 학과 편성 부문에서는 인문과학부가 인문과학부·기독교학부로 나눠지고 자연과학부가 수리물리과학부·분자생명과학부로 개편됐으며 분자생명과가 신설됐다. 또 체육학부는 학과제로 전환해 체육학과와 무용과로 구분되고 사회체육학과를 폐지했다. 약대 제약학과 역시 폐지 됐으며 약학부도 약학과로 명칭을 변경했다.
한편 단대별 학점 이수 부문은 사회대 최소전공학점 및 전공기초과목학점이 30정6점에서 각각 33정3점으로, 체대 최소전공학점이 30점에서 36점으로 개정됐다
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